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Bachelorarbeit (abgeschlossen): Invasiver SSCA1 Benchmark

Im Rahmen des DARPA-Programms "High Productivity Computing Systems" wurde die Benchmarksuite "Scalable Synthetic Compact Applications" (SSCA) definiert. Der erste Benchmark ist "Bioinformatics Optimal Pattern Matching".

This benchmark focuses on sequence alignment algorithms in computational biology. It stresses integer and character operations, and requires no floating point operations. It is compute-limited, and most of the kernels are embarrassingly parallel.

Im Rahmen des InvasIC Projekts wurde ein X10 Framework entwickelt, das auch für HPC Anwendung zusätzliche Flexibilität und Effizienz bietet. Eine Implementierung von SSCA1 in X10 existiert, ist jedoch nicht invasiv.

Aufgabe:

In dieser Arbeit soll die X10 Implementierung von SSCA1 auf das invasive Framework portiert werden. Die Evaluation umfasst die Useability des invasiven Frameworks, Performance-Gewinne gegenüber der bestehenden Implementierung, und Flexibilitätsverbesserungen durch adaptives Verhalten.

Voraussetzungen

  • Kenntnisse in X10
  • Spaß an wissenschaftlicher Evaluation


Betreuer

Ehemalige Studenten
Michael Haas
Wissenschaftliche Mitarbeiter
Andreas Zwinkau